Po wyroku WSA w Krakowie z 3 kwietnia 2009 r. (sygn. I SA/Kr 147/09), wydanym w związku z wyrokiem ETS z 22 grudnia 2008 r. w sprawie Magoora (sygn. C-414/07) wydawało się, że wątpliwości już nie ma.

W ocenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie wprowadzona od 1 maja 2004r. całkowita zmiana kryteriów (czyli konieczność posiadania homologacji zawierającej dane o ładowności samochodu oraz faktyczne zwiększenie granicznej ładowności samochodów poprzez wprowadzenie tzw. wzoru Lisaka) opisujących samochody, co do których wprowadzono ograniczenia przy odliczaniu podatku naliczonego, spowodowała, że zmiany zasad odliczania podatku naliczonego zawartego w zakupach paliwa do samochodów wykorzystywanych w działalności opodatkowanej wykraczały poza granice dopuszczalnych ograniczeń w rozumieniu art. 17 ust. 6 akapit drugi Szóstej Dyrektywy, były więc sprzeczne celami tej dyrektywy - a więc niedopuszczalne.

W konsekwencji (zdaniem WSA w Krakowie) przekroczenia z dniem 1 maja 2004 r. przez państwo polskie granic dopuszczalnych ograniczeń wyznaczonych przez art. 17 ust. 6 akapit drugi Szóstej Dyrektywy, od tego dnia nie mają zastosowania wszelkie określone w prawie krajowym ograniczenia w odliczaniu podatku naliczonego zawartym w zakupach dotyczących wydatków na nabycie paliwa do samochodów wykorzystywanych w działalności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług. W szczególności nie ma w całości zastosowania obowiązujący obecnie (tj. w brzmieniu od 22 sierpnia 2005 r.) art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. art. 86 ust. 3 ustawy o VAT.