Zasadniczo, przedsiębiorca winien zbadać czy wystawiona przez niego faktura trafiła już do obrotu prawnego (tzn. czy znalazła się u drugiej strony kontraktu) i czy ewentualna anulacja dotyczy dokumentu niepotwierdzającego rzeczywistej dostawy/usługi.

Jak podkreślały wielokrotnie sądy administracyjne w wydawanych przez siebie wyrokach, jeżeli na oba pytania istnieje odpowiedź pozytywna, wówczas nie ma przeszkód aby dokument ten anulować. Przy czym zawsze zaznacza się, iż ww. przesłanki muszą zostać spełnione w sposób łączny.

Dlaczego prawidłowa anulacja dokumentu jest tak ważna? Otóż dlatego, że w większości przypadków to sprzedawca ma obowiązek rozliczyć podatek należny wynikający z faktury. I to on musi udowodnić, iż w danym konkretnym przypadku zaistniały przesłanki zezwalające na nie rozliczanie obrotu (który de facto nie miał miejsca).

Istnieją jednakże przypadki kiedy to nabywca (a nie sprzedawca) podatek należny z tytułu jakiejś transakcji gospodarczej musi odprowadzić. Również w przypadku darowizn nie związanych z prowadzonym przedsiębiorstwem oraz świadczeń wykonywanych na cele prywatne pracowników i współpracowników pojawia się podatek należny (mimo, iż nie mamy drugiej strony transakcji).

Wówczas, fakt dokonania takiej czynności winien zostać udokumentowany fakturą wewnętrzną. Jak wskazuje bowiem art. 106 ust. 7 ustawy o podatku od towarów i usług, faktura wewnętrzna wystawiana jest w przypadku nieodpłatnej dostawy towarów lub świadczenia usług (o których mowa w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2), wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest nabywca, oraz importu usług.

Za dany okres rozliczeniowy podatnik może wystawić jedną fakturę dokumentującą te czynności dokonane w tym okresie. Faktury wewnętrzne będą wystawiane także dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze.